1. 誤認為微生物肥料是多用肥料或不是肥料

　　一種認為生物菌肥肥效很高，屬多用肥料，甚至說可以取代化肥；另一種認為生物菌肥根本不是肥料。這兩種說法都不正確，合理使用生物菌肥對作物確實有增產效果，但不能單施，要與化肥和有機肥配合施用，才能達到增產提質、減少化肥使用成本、改善土壤理化性狀、保護生態環境的目的。

　　2. 施用生物菌肥后又用殺菌劑灌根

　　部分菜農在定植時施用了生物菌肥，但在定植一段時間后又用殺菌劑灌根防止根部病害，從而導致生物菌肥中含有的放線菌、芽孢桿菌、毛殼菌等有益微生物被殺滅。因此，在未發現嚴重的根部病害時，不要用殺菌劑灌根。是先用殺菌劑處理，待殺菌劑過了有效期（如半個月以后），再施用生物菌肥。

　　3. 拿生物菌肥當藥·用

　　部分菜農定植時施用了生物菌肥，在發現死棵現象后，認為繼續沖施生物菌肥就可防止死棵，其結果是死棵現象并未得到有效緩解。目前，很多菌肥中都含有能夠殺菌抑菌的有益菌，但這些有益菌分泌的殺菌物質可能只對一種或一類病菌起作用，如木霉菌對韭菜上的白絹病、果樹的根腐病都有良好的抑制作用，使用后可減少土壤中病原菌的密度，降低發病概率，但對其他病害作用有限。而且，有益菌釋放的殺菌物質，如鏈·霉素、井岡霉素等濃度很低，相對于人工提取的工業化產品作用有限。另外，菌肥中有益菌需要等菌群擴大后才能起到抑菌作用。所以，在病害發生較多的菜地里，翻地時普施生物菌肥，定植前用藥劑拌種或蘸根，定植后進行灌根，采取綜合措施才是防止死棵的有效手段。當植株出現病害時，用菌肥來防治是不可取的。

　　4. 用菌肥代替肥料

　　部分菌肥中含有解磷解鉀菌，這些菌種能釋放有機酸等物質，將土壤中的無效態磷鉀活化，利于植物根系吸收，提高肥料利用率。但植株生長發育所需的營養物質主要還是依靠施用的有機肥和化學肥料來滿足的，菌肥起到的僅是輔助作用。以為用了菌肥就可大量減少有機肥和化肥用量的做法是不正確的。

　　5. 施用生物菌肥后未及時攪拌土壤、定植蔬菜，晾曬時間過長，部分菜農在定植蔬菜時，習慣提前挖穴、施肥，第二天再定植，遇到光照好的天氣時，生物菌肥暴露在陽光下的時間太長，微生物會被陽光大量殺死，施用效果明顯降低。微生物“怕光”，陽光中的紫外線具有強烈的殺菌作用，菌肥施用后需要立即翻入土壤，不能任其暴露在陽光下。

　　6. 土壤條件惡劣，生物菌不能存活，生物菌肥施用后作用不明顯，很重要的因素就是土壤條件不適宜生物菌的大量繁殖造成的。微生物存活并大量繁殖時，需要消耗較多的有機質、氧氣等。土壤板結，有機肥用量少，化肥施用過多，土壤鹽漬化加重，都會使生物菌的繁殖受到很大影響。因此，生物菌肥與腐熟的有機肥一起使用，減少化肥用量，還可通過合理農業技術措施，改善土壤溫度、濕度和酸堿度等環境條件，保持土壤良好的通氣狀態，土壤中能源物質和營養供應充足，從而促使有益微生物的大量繁殖和旺盛代謝。

　　7. 施用量不足，施用方式單一，·定植后，蔬菜根系受傷，抗病性降低，正是需要有益生物菌發揮作用的時候，若定植時施用量不足，生物菌肥發揮的效果也就不明顯。因此，穴施時要注意用量充足，蔬菜定植后也要注意追施生物菌肥。

　　8. 多種生物菌肥混用，不同的生物菌肥中含有的有益微生物種類是不同的，不同的微生物之間容易產生拮抗作用，爭奪有機質、氧氣、氮等養分。因此，生物菌肥施用過程中，不要多種生物菌肥同時施用。